SARS-CoV-2 自己汚染についての考察


っちゅうか、よくわからんので、お勉強がてら。
学生のとき細胞研にはいたんだけど、バチルスだったのでウイルスのことや病理のことはさっぱわからんちん。わからないはわからないなりに、あれこれみたり今更資料を読んだりしてるんだけどやっぱりわからない。
結局なんで顕在化までの潜伏期間がこんなに長いのかとか、重篤化から劇症化または亡くなられるまでがこんなに長いのかとかをむむむ唸なってる。まあ、頭のいい専門家たちも目下悩んでるのかもしれないけど、紅茶屋さんはそれよりもっと手前のところで躓いているので思考と資料の整理がてらまとめてみることにした。

ウイルス価(ウイルス力価またはウイルス感染価)という言葉がある。
上からも下からも大変なことになるノロウイルス(ノーウォークウイルス)なんかは、わずか数個(10~100個程度)で感染に十分だと言われてる。
宿主の人間や鳥さんなどで増えたウイルスが、戻したり下したりして河川にながれこみ、河口までたどり着いて牡蠣とかに取り込まれ、非加熱で人に食されたりすることで人間の腸管で再生産されるわけだ。
感染から48時間後には感染者の糞便には10^9~10^10/g 程度のウイルス粒子が再生産される。最初100ヶだったのが数百億以上になって放出されつづけるわけでノーウォークなのに辺り一帯を汚染区域にできるわけだ。ウイルスの生存戦略。生きてないけど。

さて、不活化が大変なノロウイルスに比べてコロナは随分とイージーだ。だと思われていた。 アルコールでも次亜塩素酸でも不活化できるし、ウイルス価も10の6~7乗(百万)は必要だ。

症状がでるまで5日(潜伏1~14日)程度かかる。上気道に感染するのでおしゃべりや咳などでその間に人に遷してしまうことになる。たとえ致死率が低くても感染者数が増えれば死者数は増えるし、医療崩壊がおきれば平時であれば助かったひとも助からなくなる。それが故にソーシャルディスタンシングだの三密だのと言われ、社会活動をロックダウンしてまで感染拡大を抑止しようとしているというわけだが・・・

ここで疑問がおきる。
自分の細胞で増えたウイルスにどの程度再感染するのかという問題だ。
腸管の新陳代謝は激しく、人間の大便のほとんどは腸の老廃物だ。だからノロウイルスは感染からわずか48時間程度で発症する。

同じ飛沫感染で、鼻や喉の粘膜、上気道と肺で増えるインフルエンザウイルスは潜伏期間1~3日と、これもまた短い。ウイルス1個が24時間で100万に増える計算なので、当然といえば当然だ。だがこの新型コロナウイルスの症状がでない潜伏期間はとても長く、また長いが故に快癒までの期間もとても長くなる。再燃も懸念される。なぜだろう。

ウイルスの感染経路とともに考えてみよう。

1)ウイルスがやってきた
ウイルスは生き物ではない。運動機能を持たない。動かない。
宿主(人間や動物)や物理運動(空気の滞留)によってのみ運ばれる。
だから宿主がいる可能性がある人が多い場所を避ける必要があり、 ツバなどウイルスを含んだ飛沫が届く可能性がある2メートルの感覚をとる必要があり、
ウイルスがいつまでもそこに残り続ける換気のされない密閉空間を避けましょうというのだ。数時間空気中で感染可能な状態であるので換気をしよう。

2)ウイルスがついた
運悪くウイルスを含んだ飛沫がどこかに付着した段階を考えよう。どこかに付着したウイルスは数日観戦可能な状態を維持する。マスクを外すとき表面には触るんじゃないぞ? なに?同じマスクを何日も使ってる?? 余計あぶないんじゃないか?感染者の飛沫がついてしまった!?なに慌てるな、まだチャンスはある。
それが手についたものであれば、手を洗えばいいし、目を洗ったり、うがいをすれば洗い流すことができる。マスクは感染予防にはなんの効果もないが、ウイルスがついた手を口や鼻に物理的に触れさせないという点で効果があるだろう。同じマスクをつかいつづけるのは感染リスクをあげるが、朗報だ。コロナウイルスの不活化には中性洗剤で十分なようだね。

3)ウイルスを体内にいれてしまったぞ
相手の口臭が気になる距離でおしゃべりをしたのなら、あなたの体内にそれはすでに取り込まれている。
匂いは分子で、その分子が嗅覚細胞を惹起することで匂いを知覚している。だとすれば匂いが届く十分な距離であるならウイルスも取り込める。
だが、人間の目や鼻、口の粘膜がウイルスが細胞内に取り付くのを防いでくれるだろう。鼻水や唾液は物理学的バリアとして、ウイルスの侵入を防いでくれるはずだ。

気道上皮は唾液や鼻水などのムチンを主体とした粘膜が物理で覆っている。
蛋白分解酵素を含んだ唾液や抗ウイルス物質を分泌する粘膜で捉えられれば、ウイルスは不活化されるし、 痰や鼻水は粘膜線毛で外に出され、もし飲み込んでしまってもすべてを溶かす胃液がまっている。

4)ウイルスが細胞内にまではいってきたぞ
わたしってばドライなのって感じで、カッピカピに粘膜が乾いていたりして、物理的なバリア(ムチン層)がない場合ウイルスが細胞の中にまでやってくることになる。飛沫にのって100万ぐらいの軍勢で攻めてきていたコロナさんもこの細胞という城壁にまでをたどり着くころにはわずかな手勢のみになっている。

そして城にたどり着いたとしても、お城には衛兵がウイルスの侵入を検知して、免疫反応を呼び起こし免疫戦となるのだ。

免疫にみつかり排除されるかその細胞が寿命を終えるまでウイルスはその細胞の機構を利用して自己の複製をおこなって仲間を増やすのである。

ウイルス性上気道炎と鼻粘膜
www.jstage.jst.go.jp/article/orltokyo/56/4/56_162/_pdf

さて、新型コロナウイルスは人類がまだ免疫を獲得していない型のウイルスである。 爆発的に感染が広がるのを人々が人に接触しないように家に閉じこもるという非消極的な方法しかとれないのは、ウイルスに侵食されたあと後天的に免疫を得るまではなすすべがないからである。

城の中に入り込んだ不届き者が城の宝物庫から宝をくすめても城の警備兵はそれに気が付けないのである。その財宝を利用し、感染している細胞を増やし、排出するウイルスを増やし、感染者数を増やすのだ。

ここで無症状の潜伏期間が長いというのが、効いてくる。
自分の細胞がウイルス複製に利用されているのを自分の免疫が検知できないということは、そこから出されたウイルスに再度感染してしまうことを意味する。ソーシャルディスタンスゼロ状態である。
密です!と、避けようとしたって、自分の肺胞をばらけさせるのは無理だ。

コロナウイルスのような呼吸器系は頂端側(apical)から侵入する。
頂端側から入って、頂端側から出芽するなら、もういちど粘膜の出番だ。
たばこなどで肺疾患になっていなければ、ウイルスが排出されるたびに何度でもワンちゃんある。ないと免疫獲得まではただ増える正のフィードバックループに落ちる。

頂端側から入って、頂端側に出ていくループだとおもってたのだけどここからがわからない。

間質性肺炎をおこすのが典型らしいが、自分のウイルスたっぷりの呼気によって、肺の奥の奥まで感染してしまうのだろう。
だが、だとすると血中酸素濃度が低いからとバイパップや高濃度酸素マスクみたいんで無理くり呼吸をさせると、どこにも行き場のなくなった生産された活性ウイルスは生産された場所で再感染するしかないのではないだろうか。

免疫もまだなく、抗ウイルス薬もない。上気道から下気道まで入り込んでしまって粘膜線毛のクリアランスもされないとなると、咳込み続ける体力がなければ自己再汚染の増殖ループからは抜けられない。

血中ではみつかっていないとされていたが、血管では見つかったとのレポートがあった。 COVID Toesとよばれるつま先や末梢血管にしもやけのような症状がでているという話しもある。
基底膜方向(basolateral)に出芽すればウイルス血症となる。
細胞の破壊と共に細胞内で複製され増殖したウイルスが大量に放出される。無症状で終わるひともおおいってことは、細胞傷害性はいがいとひくいのかもしれない。

手洗いのような、肺洗いの物理的クリアランス方法があればいいのだけど。
今エヴァンゲリオン見てるからただ思いつきで言うわけだけど、高酸素のLCL溶液に沈めて不活化する方法とかね。なんかあるといいよね。

温度に対しては60度で1時間でも壊れないといういやな堅牢性をもつ。だが界面活性剤では簡単に壊すことができるようなのそこらへんが攻めどころなのかも。

いやぁ、しかしほんと意味わからないね。

佐伯耕三首相秘書官(44)
西浦博北海道大学教授(43)
吉村洋文 大阪府知事(44)
テレビ朝日のアナウンサー富川悠太(43)

ここらへんが同世代だってのと同じくらい難しい。体型と頭髪かなぁ?

参考

Endothelial cell infection and endotheliitis in COVID-19
www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30937-5/fulltext

高齢者の重症化原因? 新型コロナは全身の血管に感染することが判明
nazology.net/archives/57616

Evaluation of heating and chemical protocols for inactivating SARS-CoV-2
www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.11.036855v1

新型コロナウイルス、60°Cで 1時間加熱しても生存…夏にも高い感染力が予想(WoW!Korea) – Yahoo!ニュース
headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20200420-00256654-wow-kr

医薬部外品および雑貨の新型コロナウイルス (SARS-CoV-2)不活化効果について 北里大学
research-er.jp/articles/view/88171

ウイルス性上気道炎での免疫応答と鼻粘膜上皮の役割
www.jstage.jst.go.jp/article/orltokyo/56/4/56_162/_pdf

ウイルスによる神経細胞内RNA輸送機構のハイジャック―ダニ媒介性脳炎ウイルスの新たな発症メカニズムを発見―
www.amed.go.jp/news/release_20170829-01.html

インフルエンザの症状について
influlab.jp/reception_desk/data.html

コロナ患者の知られざる兆候「凍傷のような皮膚変色」に要注意
headlines.yahoo.co.jp/article?a=20200423-00010007-flash-peo


Gmailのメール送信エラー


もう一週間も前の話しだけど、Gmailで受信エラーがおきて、数日したら送信エラーにもなっちゃったのでしかたなく対応したときのメモがでてきたので、あげておきます。そんときゃググっても情報でてこなかったので。いまさらだけど。

gmailで独自ドメインのメールを送受信してたんですが、4/8にTLSまわりでセキュリティ強化があったらしくどうもそれに巻き込まれたようです。

最近、chromeでもhttpsで証明書が有効なのにエラーになってるサイトとかあって、なんだろうなとおもってたんだけど、SSLまわりの強化強めてるみたいですね。こういうご時世だからしょうがないか。多分段階的にあちこちあがってくるとおもうので、順次という感じでしょう。

かれこれ10年ぐらいGmailを使っていて、その前は自分の仕事用のメールとかはBeckyとかをつかってました。ファイヤーバードだっけ?な時期もありましたが。で、ドメインメールは、Gmail側でメールサーバーに問い合わせして定期的に取得するようにしていました。転送にしないのは会社の返信メールとかで自分のgmailアカウントとかが載るのが嫌だからです。

結果としてやはりSSL周りの強化で、popとsmtpの設定を変えることで対応しました。

それまでの構成

独自ドメイン(お名前.com)のメールをシェアードサーバー(さくらインターネット)経由でGoogleのGmailで取得
構成はもうずいぶん長いこといじってない。
何もしてないのに壊れたー!! 状態なんですが、何もしてないから壊れたパターン。

受診時に発生するようになったエラー

サーバーから返されたエラー: "SSL error: ok Hostname "mail.自分のドメイン.com" doesn't match any SANs: "*.sakura.ne.jp", "*.180r.com", "*.2-d.jp", "*.achoo.jp", "*.amaretto.jp", "*.bona.jp", "*.chew.jp", "*.crap.jp", "*.daynight.jp", "*.deko8.jp", "*.dojin.com", "*.eek.jp", "*.flop.jp", "*.from.tv", "*.fubuki.info", "*.gokujou.biz", "*.grats.jp", "*.grrr.jp", "*.halfmoon.jp", "*.ivory.ne.jp", "*.jeez.jp", "*.jpn.org", "*.kirara.st", "*.kokage.cc", "*.mail-box.ne.jp", "*.matrix.jp", "*.mimoza.jp", "*.mints.ne.jp", "*.mokuren.ne.jp", "*.nazo.cc", "*.netgamers.jp", "*.noob.jp", "*.nyanta.jp", "*.o0o0.jp", "*.opal.ne.jp", "*.rash.jp", "*.razor.jp", "*.rdy.jp", "*.rgr.jp", "*.rojo.jp", "*.rossa.cc", "*.rulez.jp", "*.rusk.to", "*.saikyou.biz", "*.sakura.tv", "*.sakuratan.com", "*.sakuraweb.com", "*.saloon.jp", "*.silk.to", "*.skr.jp", "*.spawn.jp", "*.squares.net", "*.sumomo.ne.jp", "*.tank.jp", "*.thyme.jp", "*.topaz.ne.jp", "*.uh-oh.jp", "*.undo.jp", "*.websozai.jp", "*.whoa.jp", "*.x0.com", "*.x0.to", "*.xii.jp""

送信時に発生するようになったエラー

“TLS Negotiation failed, the certificate doesn’t match the host.”
サーバーから返されたエラー「SSL error: unable to verify the first certificate」

対応

年間1000円ぐらいのSSLに契約しているのですが、多分これがサブドメインに対応してないんですね。
ググったけど出てこなかったんで、昔の設定方法かもしれないんですが、popとsmtpの設定を

mail.独自ドメイン.com
smtp.独自ドメイン.com

で、アクセスさせにいっていました。
昔はサブドメインでサーバー設定されていたのですが今はされてないのでしょうか?? 設定マニュアルからもいつのまにか消えていました。

昔の設定のままの人のためにポートなどはサクラ側で残しておいてくれてたのかもしれません。
SSLがなかった時代はこれでエイリアスがあったからよかったのでしょうが、厳密にSSL経由でのみアクセスさせようとすればエラーになるのもわかりますね。
サブドメインのワイルドカードまで使えるSSLは高いのでケチった結果とも言えます。

なので、送受信については共有SSLをつかうことにしました。

サーバーアカウント.sakura.ne.jp

Googleにもたせていたメールアカウントのパスワードとかは忘れてしまっていたので再発番。 なんかそれでアクセスできる設定になってるなら、popもsmtpも独自ドメイン.comだけにすりゃ自前SSLだけでアクセスできるような気もするのだけど、サクラのマニュアルに書いてなかったのでやりなおすのもめんどくさいので、別にメールは共有SSLでいいやーとなった次第であります。

さんこう

デフォルトの TLS およびその他の新機能を使って Gmail のメール セキュリティを強化する
2020年4月8日水曜日
gsuiteupdates-ja.googleblog.com/2020/04/tls-gmail.html


Withコロナ


例年4月は決算やらの対応のため身軽にしてるんだけど、今年は、身軽もなにも突然はじまった不思議な世界に巻き込まれて息をもつかせぬ感じ。企業決算も申告猶予ほしいゎぁ。

コロナウイルスの話題に触れ過ぎてなんか喉痛くなってくるよね。唇や舌とかが火傷したあとのあつぼったい感じ。ウイルス性の感染症にかかるとこんな感じだよね。・・・。いやだいやだ。

さて、東京はじめ7都府県では緊急事態宣言がなされたわけだけど、街の様子はどうでしょうね。
防災無線が毎日朝9時と昼3時ごろに流れるようになった。人出は普段みかけないヤングファミリー層を平日でも街でみかけるようになりました。お店はかなりの数がしまっていて夜の8時頃にはお正月の深夜かなという感じです。
商店街のお店のひとの話しを聞くと大変そうですが、数字をみると、予見可能な未来の範囲で世の中が変わってくるのはこれからなので、反応ができるだけなだらかにならんこと願うばかりです。

BABYMETAL がStay home!

さて。

今日は、BABYMETAL 【LIVE AT HOME】LIVE AT TOKYO DOME – RED NIGHTをみながら発送などをしてた。
ほんと演奏がばかみたいに上手だよな。

扉をシュッシュ Stay home! Stay home! Stay home!

ぇ??
満員の東京ドーム相手にStay home! Stay home! って、まじかよ。

あれ、これ今やってるの?
それとも音あてなおしたの??
思わずプレイバックしちゃったよ。

Say Ho!でした。


・・・でもステイホームに聞こえるわ。

2016/9/19-20のトーキョードームだって。
仮バンドの藤岡幹大さんもまだご存命。ピックアップに電池パワーありそうなこのミドルに野太い感じ。懐かしさあるね。やっぱりバックバンド演奏ばりうまい。なんていうか、演者も体力おばけだね・・・。
ドラマー青山純さんの息子さんなのか。たぶん何度めかの驚き。

courseraのコロナウイルス講座

わずか2ヶ月前の情報でも、とてつもなく古いなと感じてしまうのだけど、海外のレポート読んでて気になったところをピックアップしておきます。

2月10日の頃は湖北省(Hubei)で18%致死率(CFR)湖北省を除く地域の致死率は0.8-0.9%でした。
この頃はこの数字を覚えてしまっていて、この10倍でもインフルエンザのほうがよほど怖いよと思っていたころです。このころはTwitterなどで武漢などで医療崩壊などがおきているというような真偽不明の情報も多くあったのですが、大げさに煽っているかデマだとおもっていました。

人獣共通感染症で感染した人数が40~200名程度として、4000名またはそれが1000名に広がった想定のときの実行再生算数。

中央値で1.1から2.6。
最近あがってきている数字で、流行期だと1.7ぐらいだといういうのをどこかでみたので、まあそんなもんなのかな。

3/16のレポート
子供の重症化率(hospitalised cases 入院)とか致死率(Infection Fatality Ratio )がことごとく低い。
肺炎は遅延継続ダメージだから体力や回復力(細胞新陳代謝)が鍵なんだろうけど、なんだろうね?
hospitalizeがhospitaliseだ。英国のインペリアルカレッジだから、クイーンズイングリッシュなんだね。
colorとかcolourだったりするよね。

日経新聞の都内の感染認知件数と退院者数をみると
まだ3/7ごろに措置入院させられた人数分も退院できてない。


vdata.nikkei.com/newsgraphics/coronavirus-japan-chart/

こっからなのかなと思うと気が重たい。
まあ間質性肺炎で呼吸困難から酸欠になって意識レベル低下してからころりだし、子どもたちは助かる可能性のほうが高いので、まあなんとかなるさ。

参考資料

www.coursera.org/learn/covid-19/home/welcome

www.imperial.ac.uk/media/imperial-college/medicine/sph/ide/gida-fellowships/Imperial-College-COVID19-transmissibility-25-01-2020.pdf

www.imperial.ac.uk/media/imperial-college/medicine/sph/ide/gida-fellowships/Imperial-College-COVID19-severity-10-02-2020.pdf